明確農民、農民合作組織和村集體組織作為小型農田水利項目建設和管護的主體單位。改變傳統的“集體所有、集體收益、集體出資”管護模式，根據農田水利設施的規模、投資來源、現狀和效益等情況，在做好資產評估的基礎上，按照公開、公正、公平的原則，按照受益對象和范圍，將財政投資形成的資產轉為集體股權，或者量化為受益農戶的股份。按照“誰受益、誰負責”的原則，通過分攤、公約或競拍等方式將管護責任分解落實到項目受益村民、農民專業合作組織或承包經營單位。
    因地制宜，分類指導，培育多種形式的新型管護模式。經營承包模式，以承包確權為核心的小型農田水利設施管理制度改革，將小型農田水利設施的經營權承包到農戶；村民“自選、自建、自管、自用”模式，由村集體申報農田水利項目和選舉項目建設理事會，負責組織施工、材料采購、設備租賃和財務管理；用水戶協會管護模式，成立農民用水協會，通過征收水費，組織管護農田水利設施；專業化管護隊伍模式，水管單位推行管養分離，組成專業養護隊；委托企業管護模式，涉農企業簽訂流轉土地范圍內小農水工程托管協議，在產權歸集體的基礎上管護流轉土地范圍內農田水利設施；合作社模式，建立水利專業合作社，服務農田水利建設和管護。
    健全農田水利設施建管服務體系。發揮基層政府和主管部門、鄉鎮水利服務機構的服務職能，在農田水利設施的設計、施工、招標、驗收等重點環節加強指導和技術服務，在農田水利設施的管護環節探索準公益性的專業化、物業化管理模式，完善管理制度，建立獎懲機制和監督考核體制，建成職責明確、形式多樣、管理高效、服務到位、充滿活力的小型農田水利工程管理服務體系。
    深化農業水價綜合改革。供水價格長期低于供水成本，農業水費不能體現水商品屬性，是造成水利工程老化失修嚴重、效益低下的重要原因之一。推進農業水價綜合改革，建立反映水資源稀缺狀況、供水成本、農業用水結構和農民承受能力以及促進農業節水和水資源合理配置、提高水資源利用效率的農業水價形成機制。由政府投資或補助建設的農田水利設施，水價按照保障正常運行維護的原則合理制定；由社會資本投資的農田水利設施，按照補償供水成本、合理營利的原則制定基準價格，適當擴大上下浮動幅度，確保社會資本投資經營農田水利設施有利可圖。合理確定農業用水定額，加快建立定額內用水優惠、超定額用水累進加價的水價制度。強化農業用水精細化管理，研究建立種植業和養殖業用水、種植業內部糧食作物、經濟作物、設施農業、林果業等分類水價制度。
   加快金融支持農田水利建設和管理。一是實行“以水養水”，培育合格的承貸主體。采取將農田水利設施所有權與經營權分離的方式，準許個人承包、租賃經營，承包人可與所有者簽訂合法的承包合同，或采取競標拍賣、租賃、股份合作或聯營等多種方式，使小型農田水利設施實現商品化，作為金融機構貸款的抵押品，吸引社會更多的投資者和社會資金前來投資水利建設，共擔投資風險。二是推行農田水利建設貸款貼息政策。對農田水利建設貸款由各級財政給予貼息或承擔全部利息；為農田水利建設貸款提供減免稅費的政策，減輕承貸主體的經濟負擔；地方政府按投資比例給予轄內支持農田水利建設的金融機構獎勵，充分調動金融機構支持農田水利建設的積極性。三是制定農田水利建設風險和損失補償政策，發展農田水利保險（放心保）。通過政府推動、政策支持、商業化運作的經營模式，明確保費補貼品種，擴大保費補貼區域，提高保障水平。引導保險機構發展農田水利設施保險，創新產品服務，增強農民的參保意識。四是加快金融支持農田水利建設的產品創新。拓寬農村有效擔保物范圍，創新擔保形式多樣的涉農信貸產品，完善涉農信貸風險分擔機制；探索開展大型農田水利設備、大型農機具等融資租賃業務。此外，還可在有關部門的引導協調下，發放銀團貸款，提高貸款投放能力，加大對農田水利建設的金融支持力度。